แท่งผงจินดามณีของหลวงปู่บุญนั้น นับว่าเป็นสุดยอดของวัดกลางบางแก้ว เนื่องจากยาจินดามณี เป็นตำรับยาที่มีคุณอเนกอนันต์ และมีชื่อเสียงโด่งดังมาก ตำรับยานี้เป็นของตกทอดคู่มากับวัดกลางบางแก้ว ว่ากันว่า ตำรับยานี้เป็นของสมเด็จพระพนรัตน์ วัดป่าแก้ว แห่งกรุงศรีอยุธยาและตกทอดมาสู่วัดกลางบางแก้ว ตำรับยาฉบับนี้เป็นสมุดข่อย ลงทองล่องชาด กล่าวถึงกรรมวิธีการสร้างที่พิสดารและอนุภาพอัศจรรย์ยิ่ง กรรมวิธีการสร้างนั้นก็ยากมาก ต้องหาตัวว่านยาต่างๆ มาให้ครบตามตำรา ซึ่งมีอยู่ด้วยกันหลายอย่าง ว่านยาแต่ละชนิดต้องนำมาเสกด้วยคาถาแต่ละชนิดไป เมื่อปลุกเสกเครื่องยาแต่ละส่วนแล้ว ก็เอาเครื่องยามาผสมคลุกเคล้ากันโดยมีคาถากำกับ ด้วยคาถาฤๅษีประสมยาไว้อีกทีหนึ่ง ตัวหินบดยาก็ต้องลงอักขระ ทั้งตัวลูกหินและแม่หิน และมีคาถากำกับขณะบดยาด้วย เมื่อได้ตัวยาตามต้องการแล้ว จึงจัดการทำพิธี ในวันเพ็ญขึ้น 15 ค่ำ กลางเดือน 12 ซึ่งหากปีใดได้ราชาฤกษ์ หรือเพชรฤกษ์ จัดว่าดีเยี่ยม ต้องจัดเครื่องสังเวยเทวดา บัตรพลีต่างๆรวมทั้งราชวัตรฉัตรธง ภายในพระอุโบสถ และมีสายสิญจน์รอบพระอุโบสถแต่ละทิศให้ลงยันต์ประจำทิศด้วยผ้าแดง ด้านหน้าพระอุโบสถให้ลงยันต์ตรีนิสิงเห และยันต์จินดามณีประกอบไว้ เมื่อได้ฤกษ์ให้ชุมนุมเทวดาแล้วให้พระภิกษุและฆราวาสที่ร่วมพิธี ปั้นเม็ดยา ขณะปั้นเม็ดยานั้นก็ต้องภาวนาคาถาตลอดเวลา ฆราวาสที่เป็นหญิงต้องเป็นพรหมจรรย์ ทั้งฆราวาสชายหญิงต้องรักษาศีลอุโบสถมาแล้ว 3 วัน หลังจากที่ปั้นเม็ดยาเสร็จเรียบร้อยแล้ว หลวงปู่ก็จะนำไปปลุกเสกอีกอย่างน้อย 7 เสาร์ 7 อังคาร เท่าที่สืบทราบมาหลวงปู่บุญท่านทำยาจินดามณีไว้แค่ 2 ครั้งเท่านั้น คือ ในปี พ.ศ.2435 และปีพ.ศ. 2476 //ชิ้นนี้แห้งเก่าจัดมาก ๆๆ แน่น ๆ มีมวลสารเยอะเยะ มีกลิ่นหอมอ่อน ๆๆ พุทธคุณ เราๆๆท่าน คงไม่ต้องพูดถึงมากมายนัก เพราะทราบกันดีอยุ๋แล้ว ชื้นนี้ขนาดเล็ก ประมาณ ข้อนิ้วก้อย น่าสะสมพกพาง่าย